1：水源熱泵空調鉆井暖通空調技術與其它技術的配合。地源熱泵技術是暖通空調技術與水文地質鉆井技術相結合的綜合技術，兩者缺一不可，這要求工程組織者和工程技術人員能夠合理協調，做好充分的技術經濟分析。
2：水源熱泵空調鉆井環境的影響。地源熱泵空調系統鉆井對土壤熱、濕及鹽分遷移的影響研究有待進一步深入，如何使不利因素減少到最小是必須考慮的問題。
3：投資問題。并不是所有的地源熱泵系統都是經濟合理的，由于鉆井費用可能占到整個系統初投資的30%以上，有些投資者可能會回到傳統的空調形式。
4：安裝維修。目前地源熱泵系統的安裝費用較高，與電制冷、天然氣熱系統的500—800元/t，顯然是高的，它的回收期是5—8年。
5：水源熱泵空調鉆井巖土特性。巖土的特性隨地點的變化而有所差別，在一個地區的研究結果可能完全不適用于另一地區，必須實地測試進行相應的修正甚至重新研究。
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